外囊菌亚门是子囊菌门中的一个比较原始的分支,本门中其他菌种基本是由其进化出的,最新的分子生物学研究证明其是单源种
外囊菌亚门的种类基本是寄生的,以菌丝或酵母方式寄生在植物的叶、枝或花蕾上,但没有寄生于根部的。许多种类为植物的致病菌。
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