轮藻门是绿藻的一门,包含了最亲近有胚植物的亲戚。因为排除了有胚植物,轮藻门是个并系群(然而有时会限定成单纯只有轮藻目而已,其为单系群的)。在一些类群里会没有鞭毛,这些类群会行有性繁殖,且不以鞭毛来移动。以精子形式出现的鞭毛细胞可以在轮藻目和Coleochaetales上被找到。
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